Penerbangan pertama Garuda Indonesia di Indonesia dimulai pada tahun 1949. Pesawat pertama  pada saat itu adalah Dakota DC-3.

Pada akhir 1950, Garuda memiliki 38 pesawat - 22 DC3s, delapan Catalina pesawat air dan delapan Convair 240-an. Pada 1953, armada tumbuh menjadi 46 dengan penambahan delapan Convair 340-an, dan pada tahun 1954 empat belas De Havilland Herons ditambahkan. Catalina perahu terbang yang dibawa keluar dari layanan pada tahun 1955.

Garuda Indonesia memulai layanan penumpang ke Bali pada 1951 dengan menggunakan Douglas DC-3 Dakota pesawat. Pertama Denpasar-layanan Sydney Garuda Indonesia itu pada tahun 1969 dengan menggunakan Douglas DC-8 pesawat. Selama bertahun-tahun, Bali telah secara konsisten terpilih sebagai "Pulau Terbaik di Dunia", dan maskapai telah memainkan peran integral dalam mengembangkan Bali sebagai tujuan wisata internasional.

Bersejarah Konferensi Asia Afrika diselenggarakan di Bandung, Jawa Barat di 19 April 1955. Garuda Indonesian Airways adalah maskapai resmi untuk terbang delegasi dari 29 negara, termasuk Kepala Negara, ke Bandar Udara Kemayoran, Jakarta Utara, sebelum mereka mengambil perjalanan ke Bandung. Pada April 2005, HUT ke-50 Konferensi Asia Afrika dirayakan. Garuda Indonesia menjadi "Official Carrier" terbang 75 Kepala Negara dari Bandara Halim Perdana Kusuma di Jakarta dengan upacara di Bandung termasuk Tuan Kofi Annan Sekretaris Jenderal Perserikatan Bangsa-Bangsa.

Pada bulan Juni 1956, penerbangan haji pertama dari 40 jamaah haji Indonesia ke Saudia Arabia, terjadi pada Convair-340 yang dioperasikan oleh Garuda Indonesia Airways. Hari maskapai lalat lebih dari 100.000 peziarah haji ke Jeddah dari Indonesia setiap tahunnya.

Pada tahun 1961, turbo prop Lockheed Electras bergabung dengan armada, memungkinkan peluncuran layanan ke Hong Kong.

Pada tahun 1965, Garuda Indonesia merupakan maskapai pertama dari Asia Tenggara untuk menawarkan layanan jet antarbenua dari Jakarta ke Amsterdam melalui Colombo, Bombay, Roma, dan Praha. Penerbangan ini dioperasikan oleh pesawat yang berteknologi maju yaitu Convair 990A. Empat mesin jet adalah pesawat komersial pertama yang dilengkapi dengan mesin turbofan. Convair 990A yang masih memegang rekor sebagai tercepat di dunia sub-sonik pesawat sipil.

Pada tahun 1969, Fokker F-27 turboprop pesawat masuk layanan di rute domestik dan dua DC9s disampaikan. Dua jet F28s ditambahkan pada tahun 1971 dan pada tahun 1980 Garuda memiliki 24 DC9s dan 33 F28s. Yang pertama DC10s disampaikan pada tahun 1976, dan yang pertama dari enam Boeing 747-200-tiba pada tahun 1980. Kemudian pada tahun 1983, datang Airbus A300, diikuti di akhir tahun 80-an dan awal 90-an oleh A300-600, B737-300, MD11s dan B737-400.

Dari awal tahun 1970-an hingga pertengahan tahun 1980-an, Garuda Indonesia mengoperasikan armada terbesar Fokker F-28 Fellowship twinjets di dunia. Pada satu titik, Fokker F-28 armada terdiri dari 42 pesawat, termasuk Mk-1000 dari 1971, Mk-3000 dari 1976, dan Mk-4000 versi yang paling canggih dari 1984. F-28 yang berakhir layanan mereka pada tanggal 5 April 2001 dengan Garuda Indonesia dan dipindahkan ke Citilink, biaya rendah maskapai Garuda Indonesia.

Garuda Indonesia menjadi maskapai yang semua armada nya menggunakan jet engine pada tahun 1977, ketika terakhir dari Persahabatan Fokker F-27 turboprop pesawat digantikan oleh Fellowship Fokker F-28 Mk-3000 twinjets. Armada terdiri dari empat berbadan lebar Douglas DC-10 pesawat, tiga Douglas DC-8's, Delapan belas Douglas DC-9's, dan tiga puluh dua Fokker F-28's. Semua armada jet Garuda Indonesia diperbolehkan untuk menawarkan tingkat kenyamanan baru dan keandalan di seluruh Indonesia dan sekitarnya.

Pada tahun 1980 pertama Boeing B747-200 pesawat jet jumbo itu disampaikan. Pada tahun 1984 armada terdiri dari 4 Boeing 747-200's, 6 Douglas DC-10's, 9 Airbus A300-B4 (Forward Facing Crew Cockpit), 24 Douglas DC-9 dan 36 Fokker F-28 Fellowship.

Di 21 Januari 1982, Garuda Indonesia merupakan maskapai pertama yang mengoperasikan sebuah Airbus A300-B4 FFCC (Forward Facing Crew Cockpit) yang dirancang khusus dengan menggunakan dua orang analog dek penerbangan, ini merupakan pelopor untuk dua orang cockpits kaca yang digunakan pada semua modern pesawat hari ini.

Pada tahun 1985, Garuda Maintenance Facility di Soekarno-Hatta International Airport dan Garuda Training Centre di Jakarta Barat didirikan.

Pada bulan Agustus 2009, Garuda Indonesia akan menerima pengiriman pertama 50 Boeing B737-800NG (Next Generation) pesawat untuk memenuhi tuntutan masa depan yang selalu berubah perjalanan pasar.

Tahun 2011, Garuda Indonesia akan menerima pengiriman pertama dari 10 Boeing B777-300 ER (Extended Range) pesawat, yang bisa terbang 365 penumpang (khas tiga kelas tempat duduk) 14.685 kilometer tanpa henti.

Citilink adalah sebuah maskapai penerbangan anak perusahaan Garuda Indonesia. Perusahaan ini berdiri tahun 2001 dan difungsikan sebagai salah satu alternatif penerbangan berbiaya murah di Indonesia. Citilink menghentikan operasinya sejak 15 Januari 2008 untuk melakukan konsolidasi dan berencana melanjutkan penerbangan pada kwartal I 2008 dengan "format dan layanan baru".

Pada Agustus 2008, Citilink akan kembali melanjutkan penerbangan mulai September 2008. Pada awalnya Citilink mengoperasikan 5 Fokker 28 yang merupakan sisa-sisa dari armada Garuda Indonesia . Citilink diresmikan kembali pada tanggal 8 Agustus 2008 oleh Emirsyah Sattar, CEO Garuda Indonesia. Investasi yang dikeluarkan mencapai 10 juta US$ , dengan rincian 60% untuk bahan bakar, 17% untuk perawatan pesawat dan sisanya untuk biaya lain-lain. Dibawah manajemen baru, Citilink menetapkan Surabaya sebagai pusatnya. Citilink diharapkan dapat menjadi anak perusahaan yang menguntungkan selain GMF dan Aerowisata yang merupakan anak perusahaan dari Garuda Indonesia.